Modele de sere mici

L`analyse de réseau représente une alternative prometteuse dans de telles circonstances limitées de données [22 – 24]. Comme beaucoup de voies moléculaires dans l`EIA sont qualitativement bien décrites, les réseaux d`interaction peuvent être une approche appropriée pour caractériser l`EIA. Ces réseaux sont des représentations simplifiées des systèmes biologiques dans lesquels les composants du système tels que les gènes, les protéines ou les cellules sont représentés par des noeuds et les interactions entre eux par les arêtes [25]. Les modèles de réseau booléen, initialement introduits par Kauffman [26, 27], représentent les modèles dynamiques discrets les plus simples. Ces modèles supposent seulement deux États discrets pour les noeuds d`un réseau, ON ou OFF, correspondant aux valeurs logiques 1 (actif) ou 0 (non actif, mais pas nécessairement absent) [28]. Un modèle logique bien conçu pourrait générer des résultats prédictifs en raison d`un ensemble de conditions initiales. Des cadres qualitatifs et logiques ont émergé comme des approches pertinentes avec différentes applications, comme en témoigne un nombre croissant de modèles publiés [29]. En complément de ces applications, plusieurs groupes ont fourni diverses méthodes et outils pour soutenir la définition et l`analyse des modèles logiques, comme cela peut être vu par les récentes réalisations du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo) dans la logique modélisation [30]. Il existe déjà plusieurs outils pour la modélisation booléenne des réseaux de régulation dans lesquels il est possible de définir des relations directes d`inhibition d`activation entre les composants du réseau, tels que BoolNet R [31] ou GINsim [32]. Plus récemment, le paquet R SPIDDOR (pharmacologie des systèmes pour le développement efficace de médicaments sur R), entre autres, a mis en place de nouveaux types d`interactions et de perturbations réglementaires dans le système, tels que les modulateurs positifs et négatifs et la les altérations du polymorphisme, qui conduisent à une dynamique plus riche entre les noeuds [28]. Déclaration des intérêts concurrents: SERES Therapeutics a conclu une entente d`option avec l`Université de Pennsylvanie pour certains droits de propriété intellectuelle, énumérant chaire G.D.W. comme un inventeur.

SER-287 est une capsule Orale développée à l`aide de la plate-forme de thérapeutique microbiome brevetée de SERES. C`est un candidat thérapeutique de source biologique composé d`une écologie bactérienne complexe et diverse de spores. En plus du SER-287, le pipeline de développement de SERES comprend le SER-301, un produit synthétique conçu rationnellement, composé d`espèces bactériennes cultivées in vitro pour le développement de l`UC et d`autres troubles gastro-intestinaux chroniques avec un besoin médical non satisfait élevé. Editeur: Shree RAM Singh, National Cancer Institute, États-Unis étonnamment, le modèle montre qu`un knockout de IL2 conduit à une réduction des MMPs semblables à celle d`un knockout de TNFα, même lorsque les résultats antérieurs des essais cliniques avec le Basiliximab ou le daclizumab ( les anticorps monoclonaux qui se lient au récepteur de l`interleukine 2 CD25) dans la colite ulcéreuse n`ont pas montré de supériorité aux corticoïdes seuls [73, 74]. Le mécanisme d`action des corticoïdes n`a pas été complètement décrit, mais on sait que les corticostéroïdes provoquent des niveaux diminués de IL2 ARNm [75, 76]. Ainsi que le reste des mécanismes inhibiteurs de corticoïdes, ce serait la raison pour laquelle le Basiliximab ou le daclizumab ne montrent pas la supériorité des corticoïdes seuls. En résumé, nous présentons un modèle de réseau pour les maladies inflammatoires de l`intestin qui est disponible et prêt à être utilisé et peut faire face à (multi-échelle) des extensions de modèle. Il est appuyé par un référentiel complet résumant les résultats de la littérature la plus pertinente dans le domaine.

Ce modèle s`est avéré prometteur pour l`évaluation in silico des cibles thérapeutiques potentielles, la recherche de biomarqueurs spécifiques à la voie, l`intégration de polymorphismes pour la stratification des patients, et peut être réduit et transformé en modèle/s quantitatif. Une recherche documentaire de chaque expression de noeud chez les patients d`EIA a été effectuée, et les informations recueillies sont condensées dans le tableau S3 comprenant trois catégories: up-, Down-réglementé, ou modifié, si les niveaux en CD, UC ou les deux (IBD) par rapport à la santé les bénévoles sont plus élevés, inférieurs, ou peu concluants et/ou contradictoires, respectivement.